DESCRIPTION :
Mission La personne recrutée rejoindra une équipe multidisciplinaire dans le cadre d'un projet collaboratif innovant
principale visant la conception computationnelle d'enzymes de modification de l'ARN. Ce projet s'inscrit dans l'axe de, personne recrutée aura pour principale mission de concevoir et optimiser des pipelines de calcul et jouera un
rôle clé dans la réussite du projet de recherche en collaborant avec des chercheurs postdoctoraux ainsi que
des partenaires externes spécialisés en bio-informatique et biologie expérimentale.
Activités * Concevoir, développer et maintenir des pipelines de calcul pour la modélisation et l'ingénierie des enzymes
principales de modification de l'ARN ;
* Mettre en œuvre des algorithmes de prédiction de structure protéique et de conception de protéines
adaptées aux besoins du projet ;
* Exploiter des environnements UNIX afin d'assurer une exécution efficace des workflows de calcul en
utilisant des serveurs HPC ;
* Optimiser les ressources de calcul et améliorer les performances des flux de travail ;
* Rédiger, optimiser et maintenir des scripts en Python et Bash pour l'automatisation des analyses et le
traitement des données ;
* Développer des solutions pour automatiser la collecte et l'analyse des données expérimentales et
computationnelles ;
* Se tenir au courant des nouveaux outils et algorithmes en biologie structurale computationnelle, tels que
AlphaFold, Rosetta, ProteinMPNN, et RFdiffusion ;
* Intégrer ces outils dans les processus de conception et d'optimisation des enzymes ;
* Collaborer activement avec un chercheur postdoctoral, ainsi que des chercheurs et techniciens
expérimentaux afin de valider les résultats des prédictions informatiques ;
* Participer à la mise en œuvre de validations expérimentales basées sur les modèles calculés et à
l'interprétation des données biologiques ;
* Rédiger et documenter les workflows de calcul, les rapports de progrès et les publications scientifiques
potentielles ;
* Contribuer à la rédaction d'articles et à la présentation des résultats lors de conférences ou dans des
publications scientifiques.
Spécificité(s) et Le candidat retenu rejoindra l'Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF) à Montpellier et, plus particulièrement,
environnement l'équipe Granier-Mouillac. Le poste sera supervisé par le Dr. Cédric Leyrat, qui dirige l'axe de conception de
du poste protéines du projet et qui est spécialisé dans les techniques de biologie structurale computationnelle et
expérimentale. L'IGF est un institut de recherche multidisciplinaire doté d'installations de pointe, y compris
l'accès à des serveurs HPC et à des plateformes avancées de biologie structurale, de génomique et de
protéomique. La personne sélectionnée sera pleinement intégrée dans un environnement collaboratif et
dynamique.
Connaissances * Connaissance des principes de la biologie structurale et de la modélisation des protéines ;
* Connaissance des outils et algorithmes modernes tels qu'AlphaFold, Rosetta, ProteinMPNN et
RFdiffusion pour la prédiction de structure protéique et la conception de protéine ;
Institut national de la santé et de la recherche médicale 2
Emploi type
* Connaissance des processus expérimentaux de biologie structurale, ainsi que des méthodes de
validation expérimentale basées sur des modèles computationnels ;
* Connaissance des pipelines de calcul pour la modélisation de protéines et d'enzymes ainsi que dans
la gestion de données complexes provenant de diverses sources biologiques et expérimentales ;
* Connaissance de Python et Bash pour l'écriture et l'optimisation de scripts d'automatisation des
analyses et du traitement des données ;
* Connaissance des environnements UNIX pour l'exécution efficace de workflows de calcul, en
particulier l'utilisation de serveurs HPC pour l'analyse de données à grande échelle.
Savoir-faire * Capacité à concevoir, développer et maintenir des pipelines de calcul pour modéliser et optimiser des
enzymes de modification de l'ARN ;
* Capacité à optimiser des ressources de calcul pour garantir l'efficacité des workflows en utilisant des
plateformes HPC ;
* Capacité à mettre en œuvre des algorithmes de prédiction de structure protéique pour concevoir des
protéines adaptées aux objectifs du projet de recherche ;
* Capacité à intégrer et adapter ces outils pour améliorer la conception des enzymes de modification de
l'ARN ;
* Capacité à travailler au sein d'une équipe multidisciplinaire en collaborant étroitement avec des
chercheurs, bioinformaticiens et des biologistes expérimentaux ;
* Capacité à traduire les résultats des calculs computationnels en hypothèses biologiques testables et
à participer activement à la validation expérimentale des prédictions ;
* Capacité à développer des solutions pour automatiser la collecte, l'analyse et l'intégration des
données, y compris l'élaboration de scripts d'automatisation avec Python et Bash ;
* Capacité à rédiger des rapports techniques et scientifiques, y compris la documentation des
workflows de calcul, les rapports de progrès et la contribution aux publications.
Code d'emploi : Ingénieur Mécatronique (h/f)
Domaine professionnel actuel : Ingénieurs, Projeteurs et Techniciens Électricité
Niveau de formation : Bac+3
Temps partiel / Temps plein : Plein temps
Type de contrat : Contrat à durée déterminée (CDD)
Compétences : Analyse des Données, Bash Shell, Bio-Informatique, Unix, Biologie Computationnelle, Python (Langage de Programmation), Traitement des Données, Gestion des Données, Anglais, Adaptabilité, Minutie ou Attention aux Détails, Respect des Procédures, Esprit d'Équipe, Motivation Personnelle, Curiosité, Recherche, Algorithmes, Systèmes Automatisés, Biologie, Recherche Médicale, Calculs, Création de Contenu, Ingénierie, Enzymes, Elaboration des Prévisions, Génomique Fonctionnelle, Génomique, Recherche Multidisciplinaire, Recherche Post-Doctorale, Processus de Conception, Rédaction de Dossiers Techniques, Workflows, Compétences de Modélisation, Montage et Démontage, Protéines, Rapport d'Avancée, Protéomique
Courriel :
cedric.leyrat@igf.cnrs.fr
emploi.handicap@inserm.fr
Type d'annonceur : Employeur direct
