DESCRIPTION :
pour améliorer leur robustesse lors d'expositions ultérieures aux mêmes stress.
Quel est le sujet de la thèse ?
Dans le cadre de cette thèse, vous serez donc amené à développer des protocoles d'infléchissement de la trajectoire développementale sur des familles biparentales de deux espèces de bivalves tropicaux (l'huître de roche, Saccostrea echinata et l'huître perlière, Pinctada margaritifera) et deux espèces de bivalves tempérés (la moule verte, Perna canaliculus et l'huître creuse, Magallana gigas). En travaillant sur des espèces aux régimes thermiques très différents, nous augmenterons le potentiel d'application de ces méthodes dans une perspective plus large au niveau mondial. Vous utiliserez différents traitements au niveau larvaire avec des expositions à des stress abiotiques (températures sub-létales) et des stress biotiques (flore microbienne non pathogène) et vous testerez aux stades de vis ultérieurs les tolérances aux mêmes stress ou à des stress différents (exemple : larves stressées par la température résistent-elles mieux à une maladie ?). Des résultats déjà
publiés sur certaines espèces de bivalves par nos groupes (Fallet M et al, microbiome, 2022) ou des résultats préliminaires obtenus par notre consortium sur l'huître perlière (amélioration de la robustesse par shaping larvaire thermique) sont des gages de réussite de ce projet.
Un deuxième volet de ce projet sera consacré à la compréhension des mécanismes moléculaires sous-jacents à l'acquisition de la robustesse. Pour ceci, une combinaison d'approches expérimentales et omiques seront développées. Les sous-groupes ayant subi présentant les robustesses différentielles aux maladies ou aux stress thermiques ainsi que leurs contrôles, seront soumis à des stress thermiques sublétaux ou à des expositions à des pathogènes et ils seront échantillonnés régulièrement après l'exposition (0, 6h, 12h 24h, 48h post-exposition). Ces échantillons seront ensuite soumis à des approches moléculaires comparatives pour caractériser les mécanismes de l'acquisition de robustesse.
Pour caractériser ces mécanismes, nous développerons des approches RNA-seq approach (de Lorgeril et al, nature communications, 2018). Nous caractériserons également la fréquence allélique au niveau du génome des différentes familles et conditions (larves stressées vs témoins) afin d'évaluer l'absence de sélection lors du stress larvaire (Fallet et al., microbiome, 2022). L'épigénotype des différentes familles et conditions sera caractérisé afin d'identifier les modifications épigénétiques sous-jacentes aux changements phénotypiques observés. Génotypes et Epigénotypes seront caractérisés par séquençage du génome entier par Enzyme-Methyl-Whole-Genome-Sequencing (Valdivieso et al., STOTEN, 2025), et l'(épi)génotype sera extrait par des approches maitrisées par notre consortium (Gawra et al. Science Advances, 2023). De plus, nous développerons une approche métabolomique comparative ciblée afin d'évaluer les compromis potentiels entre croissance et robustesse (Duperret et al.,
soumis) et une approche omique intégrative sera développée pour intégrer les données (Duperret et al., soumis).
Quelle sera votre mission ?
Vous développerez l'ensemble de ces travaux en collaboration entre trois laboratoires (l'UMR SECOPOL en Polynésie française, l'UMR IHPE à Montpellier et le Cawthron institute de Nelson en Nouvelle-Zélande). Les travaux sur l'huître creuse du Pacifique et la moule verte seront réalisés dans les installations de l'Institut Cawthron et ceux sur l'huître perlière et l'huître de roche seront réalisés dans les installations de l'Ifremer à Vairao (Tahiti). Les analyses omiques seront réalisées au laboratoire IHPE de Montpellier. Durant la thèse, vous passerez 18 mois en Polynésie française, 12 mois en métropole (Montpellier) et 6 mois en Nouvelle-Zélande.
Quelles seront vos activités ?
Vous développerez les approches expérimentales de stress au niveau larvaire et la vérification des robustesses acquises aux stades de vie ultérieurs.
Vous développerez et participerez aux approches omiques comparatives et à la caractérisation des mécanismes moléculaires sous-jacents. Vous manipulerez les différents jeux de données omiques ((épi)génomiques, transcriptomiques et métabolomique), vous les analyserez, appliquerez des approches statistiques adaptées et vous intégrerez les différentes couches omiques (omique intégrative).
Mots clés
Aquaculture ; changement climatique ; limites de tolérance thermiques ; solutions pour l'adaptation ; analyses omiques intégrative.
Code d'emploi : Thésard (h/f)
Niveau de formation : Bac+5
Temps partiel / Temps plein : Temps partiel
Type de contrat : Contrat à durée déterminée (CDD)
Compétences : Bash Shell, R (Langage de Programmation), Python (Langage de Programmation), Sens de l'Organisation, Entreprenant, Minutie ou Attention aux Détails, Esprit d'Équipe, Dynamisme, Physiologie, Biologie Molleculaire, Enzymes, Génomique, Séquençage du Génome Entier, Métabolomique, Toupie (Machine-Outil), Etudes et Statistiques, Compétences de Modélisation, Aquaculture, Refroidissement Climatisation Ventilation, Protection des Données, Changement Climatique, Expérimentation Animale
Courriel :
communication@ifremer.fr
Téléphone :
0546762610
Type d'annonceur : Employeur direct