DESCRIPTION :
Mission L'Ingénieur.e aura une double mission :
principale * Au sein de l'équipe Mécanismes de détection des nutriments dirigée par G. Panasyuk
il/elle contribuera au programme de recherche en cours dans les domaines du métabolisme,
de la physiologie et de la physiopathologie, en se concentrant sur les maladies métaboliques
rares de l'enfant, telles que les maladies hépatobiliaires et les maladies de stockage
lysosomales. En particulier, l'ingénieur.e sera en charge du cycle complet des analyses in
vivo dans une large cohorte de modèles de souris générés par l'équipe ce qui implique :
* Développer et phénotyper des modèles murins de maladies humaines (maladies
hépatobiliaires et de stockage lysosomale) en appliquant diverses approches : modèles
transgéniques KO-conditionnels aigus et chroniques (knockouts multi-organes,
knockouts multi-gènes), modèles CRISPR-Cas9, modèles induits chimiquement et par
intervention chirurgicale (ligation des voies biliaires).
* Assurer la préparation des lignées cellulaires primaires dérivées de ces modèles murins,
y compris les organoïdes hépatocytaires et biliaires.
* Assurer des analyses moléculaires et métaboliques dans ces modèles.
* Effectuer des analyses de pointe en imagerie tissulaire spatiale multiplexée CODEX et
FISH et développer les pipelines de quantification de ces images.
* Mettre en place et réaliser le phénotypage télémétrique de multiples paramètres
physiologiques chez des souris vivantes pour des évaluations approfondies de la
fonction des systèmes biologiques et le criblage préclinique de médicaments.
* Pour l'ensemble de l'INEM, et plus largement pour le campus Necker (IMAGINE),
l'ingénieur.e fournira une expertise de pointe en télémétrie, dont le système a été acquis par
la SFR-Necker. Il/elle développera de nouveaux protocoles pour le phénotypage
télémétrique des modèles murins. Il/elle mettra son savoir-faire en analyse spatiale de
multiplexag en microscopie quantitative au service des projets de recherche
Activités L'ingénieur.e devra avoir une expertise polyvalente dans les analyses in vivo chez les rongeurs
principales incluant le développement, le maintien et le phénotypage des modèles de souris transgéniques
en utilisant la télémétrie, la génération des cellules primaires et des organoïdes issues de ces
souris, des analyses métabolomiques et l''utilisation en routine de l'histologie de pointe (détection
des protéines (CODEX) et des ARN (FISH) dans les échantillons histologiques par multiplexage,
imagerie 3D).
L'ingénieur.e gérera le cycle complet des mesures télémétriques pour la communauté
scientifique du campus Necker. L'utilisation de cette technologie hautement sophistiquée requiert
une expertise complexe en microchirurgie de capteurs, en manipulation des animaux et en
analyse de données. Cette technologie est une approche éthique en accord avec les
réglementations des 3R car elle permet de réaliser des mesures longitudinales non invasives sur
des animaux vivants, de réutiliser les animaux pour les observations et ainsi de réduire le nombre
d'animaux à sacrifier.
Les analyses de données nécessiteront la maîtrise du codage incluant les connaissances de
base du langage R et/ou Python.
Les activités suivantes sont spécifiquement associées à ce poste :
- Effectuer des actes biologiques sur les animaux y compris l'implantation chirurgicale de
capteurs pour la télémétrie, les injections (IP, sous cutanées, IV, gavage), la chirurgie
Institut national de la santé et de la recherche médicale 2, d'implantation de mini-pompe pour les traitements pharmacologiques spécifiques, la
préparation de régimes alimentaires spécifiques pour des modèles pré-cliniques ;
- Assurer une chaîne complète d'analyse des données télémétriques à partir de
l'enregistrement, des traitements, l'interprétation et la préparation de figures spécifiques
(nécessitant les bases du codage par R et Python) et d'en garantir le suivi et la qualité ;
- Établir et réaliser les préparations des cellules primaires des souris transgéniques
(hépatocytes, fibroblastes, myoblastes, cultures d'organoïdes biliaires et hépatiques) ;
- Réaliser la préparation des échantillons pour les analyses immunohistologiques
(clarification des tissus, hybridation in situ, coloration multiplexe) ;
- Réaliser des marquages immunohistochimiques (standard et multiplexe CODEX) et
analyser les données en développant des protocoles de quantification adapté (reconstruction
3D d'images et quantification) ;
- Effectuer des analyses de routine en biologie moléculaire des protéines et des ARN
(extraction, immunoblot, immunoprécipitation, RT-qPCR) ;
- Rédiger des comptes rendus et communiquer les résultats ;
- Former et assurer un transfert technologique pour les mesures de télémétrie y compris
conseiller les utilisateurs sur les possibilités techniques de télémétrie, les méthodes
d'analyse, leurs interprétations, et en assurer le suivi ;
- Organiser et contrôler l'utilisation collective de l'appareillage de télémétrie ;
- Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine de la télémétrie ;
- Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales
et de publications ;
- Appliquer et faire appliquer les principes et les règles d'hygiène et de sécurité ;
- Accueillir et former aux bonnes pratiques de laboratoire les nouveaux entrants (ingénieurs,
stagiaires et doctorants) ;
- Assurer une veille éthique et réglementaire et rédiger les documents ad hoc (OGM,
expérimentation animale, CCP...) ;
- Organiser et gérer les moyens techniques dans le laboratoire y compris suivi des stocks,
maintenance des bases de données, organisation des commandes, entretien des
équipements, relation et négociation avec les fournisseurs.
Code d'emploi : Ingénieur Logiciel (h/f)
Domaine professionnel actuel : Programmeurs
Niveau de formation : Bac+5
Temps partiel / Temps plein : Plein temps
Type de contrat : Contrat à durée déterminée (CDD)
Compétences : Analyse des Données, Bases de Données, Multiplexage, Python (Langage de Programmation), Traitement des Données, Anglais, Prise de Parole en Publique, Compétences Interpersonnelles, Sens de l'Organisation, Esprit d'Équipe, Implication et Investissement, Motivation Personnelle, Recherche, Cultures Cellulaires, Physiologie, Biologie Molleculaire, Microscopie, Biologie, Systèmes Biologiques, Recherche Médicale, Métabolisme, Expérimentation, Étiquetage, Immunofluorescence, Gestion des Procédures Standard, Coiffure et Soins des Cheveux, Immunohistochimie, Histologie, Application des Normes d'Hygiène, Techniques de Laboratoire, Maintenance et Dépannage, Biologie Moléculaire et Cellulaire, Maladies Métaboliques, Microchirurgie, Physiopathologie, Pharmacologie, Pompes, Réactions Polymerase Chain en Temps Réel, Quantification, Télémétrie, Médicaments, Analyse Spatiale, Inventaire et Contrôle du Stock, Interventions Chirurgicales, Transfert de Technologie, Nettoyage Industriel, Compétences de Modélisation, Réalisation d'Évaluations, Imagerie, Préparation et Traitement de Commandes, Protéines, Capteurs, Transformation Moléculaire, Manipulation des Animaux, Gestion des Fournisseurs, Organisation et Préparation des Réunions, Expérimentation Animale, Bien-Être Animal
Courriel :
emploi.handicap@inserm.fr
ganna.panasyuk@inserm.fr
Type d'annonceur : Employeur direct